17 lutego 1920 roku został utworzony w Warszawie Państwowy Instytut Dentystyczny. Jego powstanie było odpowiedzią na brak lekarzy dentystów w odradzającym się Państwie Polskim. Instytut był uczelnią jednowydziałową z czterema specjalistycznymi katedrami: Dentystyki Zachowawczej, Chirurgii Stomatologicznej, Techniki Dentystycznej i Ortodoncji.

PID otrzymał sprzęt i pomieszczenia zajmowane przez dawne prywatne szkoły dentystyczne przy ul. Marszałkowskiej nr 116 i 151.

15 marca 1933 r. została powołana Akademia Stomatologiczna w wyniku przemianowania Państwowego Instytutu Dentystycznego. Pierwszym jej Rektorem został prof. Roman Nitsch. Jej kliniki mieściły się w prywatnie wynajętych lokalach przy Placu Małachowskiego, ul. Marszałkowskiej i Obrońców.

Poziom kształcenia studentów w Akademii Stomatologicznej był wysoki. Absolwenci obok wiedzy fachowej otrzymywali duży zasób wiedzy ogólnolekarskiej, więc uczelnia nie odbiegała poziomem od wzorcowo prowadzonych zagranicznych szkół dentystycznych.

Dzięki staraniom władz uczelni o budowę gmachu dla stomatologii, w lipcu 1939 roku odbyła się uroczystość poświęcenia kamienia węgielnego i wmurowania Aktu Erekcyjnego pod budowę budynku Akademii Stomatologicznej.

W okresie okupacji hitlerowskiej podjęto w Warszawie konspiracyjne nauczanie, w które pod kierunkiem prof. W Cybulskiego było zaangażowanych 30 profesorów i asystentów. 

Po zakończeniu działań wojennych w roku 1945 Akademia Stomatologiczna rozpoczęła działalność jako jedna z pierwszych szkół wyższych. Rektorem został prof. Marian Zeńczak.

1 września 1949 roku Akademia Stomatologiczna została wcielona na prawach Oddziału do Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Warszawskiego, a następnie w ramach tego Wydziału przeszła do Akademii Lekarskiej.

W 1950 roku zmieniono nazwę Akademii Lekarskiej na Akademię Medyczną, wydzielając ją ze struktur organizacyjnych Uniwersytetu Warszawskiego jako samodzielną uczelnię.

W roku 1955 studia stomatologiczne wydłużono do pięciu lat, wprowadzając dalsze zmiany programowe, w większym stopniu umedyczniające studia stomatologiczne.

W 1970 roku utworzony został Instytut Stomatologii. Jego powołanie nawiązywało do tradycji pierwszej polskiej uczelni stomatologicznej - PID.

W 1998 roku utworzono Interdyscyplinarne Centrum Implantologiczne w Katedrze Protetyki Stomatologicznej.

W Oddziale Stomatologii utworzone zostały studia licencjackie dla techników dentystycznych (2002 r.) a później higienistek/higienistów stomatologicznych (2003 r.)

Rangę warszawskiej stomatologii w kraju i za granicą podnosiły organizowane z dużym rozmachem sympozja, kongresy, konferencje  z udziałem wykładowców zagranicznych. Międzynarodowa konferencja Zachód-Wschód wpisała się na stałe do kalendarza corocznych wydarzeń.

W roku akademickim 2000/2001 nauczano około 140 studentów na tzw. wspólnym (AM-AWF) Wydziale Rehabilitacji. Pełnomocnikiem rektora ds. wspólnego wydziału była prof. nadzw. dr hab. n. med. Joanna Juskowa. Jednak tej działalności z powodów formalno-prawnych nie udało się kontynuować

25 czerwca 2001 roku decyzją Rektora i Senatu Akademii Medycznej (uchwała nr 22) powołano Oddział Fizjoterapii w strukturach II Wydziału Lekarskiego, którego dziekanem był wówczas prof. dr hab. n. med. Jerzy Stelmachów. Prodziekanem Oddziału Fizjoterapii II Wydziału Lekarskiego została 1 września 2002 roku prof. nadzw. dr hab. n. med. Joanna Juskowa, która zorganizowała od podstaw nauczanie na kierunku fizjoterapii, a także utworzyła pierwszą jednostkę Oddziału Fizjoterapii, czyli Zakład Rehabilitacji i została jego kierownikiem.

Pierwszym etapem kształcenia fizjoterapeutów były trzyletnie studia licencjackie uprawniające do pracy zawodowej fizjoterapeuty lub uzyskania kwalifikacji do dalszego kształcenia w ramach dwuletnich uzupełniających studiów magisterskich i uzyskania stopnia magistra fizjoterapii.

Nauczycieli do kierunku fizjoterapia do akademickich podstawowych i  klinicznych przedmiotów medycznych – na kierunku fizjoterapia czerpano spośród  dydaktyków z licznych klinik i zakładów II Wydziału Lekarskiego. Korzystano również z uprzejmej pomocy kierowników zakładów i katedr międzywydziałowych uczelni. Natomiast początkowo były problemy z właściwą liczbą nauczycieli przedmiotów zawodowych fizjoterapii. W związku z tymi trudnościami Władze uczelni zawarły umowę z Przewodniczącym Sejmiku Mazowieckiego o zatrudnieniu w  Akademii Medycznej niektórych magistrów fizjoterapii/rehabilitacji i specjalistów w tej dziedzinie pracujących dotychczas w szkołach średnich o profilu fizjoterapeutycznym. W wyniku zawartej umowy zatrudnieni magistrowie otrzymali etaty w Zakładzie Rehabilitacji Oddziału Fizjoterapii II Wydziału Lekarskiego.

Zakład Rehabilitacji prowadził dydaktykę przede wszystkim na studiach licencjackich, ale także na uzupełniających studiach magisterskich, nauczając teoretycznie (wykłady i seminaria) oraz praktycznie (ćwiczenia) z zakresu metod i form fizjoterapii/rehabilitacji. Studenci Oddziału Fizjoterapii poza obowiązującym planem zajęć dydaktycznych chętnie uczestniczyli w pracach Koła Naukowego Zakładu Rehabilitacji. Opiekunem koła od początku jego działalności był dr n. med. Dariusz Białoszewski.

W czerwcu 2004 roku po raz pierwszy w historii uczelni absolwenci studiów licencjackich Oddziału Fizjoterapii II Wydziału Lekarskiego otrzymali dyplomy licencjata, a w lipcu 2006 roku absolwenci uzupełniających studiów magisterskich odebrali swoje dyplomy, stając się pierwszymi w historii uczelni magistrami fizjoterapii.

W 2019 roku, na mocy przepisów Ustawy 2.0, II Wydział Lekarski zakończył funkcjonowanie. 2 sierpnia tego samego roku w Auli im. prof. Janusza Piekarczyka po raz ostatni uroczyście promowano licencjatów i magistrów Oddziału Fizjoterapii. Od roku akademickiego 2019/2020 nauczanie fizjoterapii zostało przeniesione w struktury nowego wydziału - Wydziału Medycznego.

Audiofonologia oraz elektroradiologia zostały utworzone na WUM na początku lat dwutysięcznych, najpierw jako specjalności w ramach kierunku zdrowie publiczne. Następnie w 2012 r. Senat WUM uchwalił utworzenie studiów pierwszego stopnia na kierunku elektroradiologia (studia zostały uruchomione w roku akademickim 2012/2013) oraz audiofonologia (studia zostały uruchomione w roku akademickim 2013/2014).

15 grudnia 2009 r. WUM i UW podpisały porozumienie w sprawie utworzenia nowego, unikatowego kierunku studiów logopedia ogólna i kliniczna. Kierunek prowadził I Wydział Lekarski WUM oraz Wydział Polonistyki UW. Studia zostały uruchomione w roku akademickim 2011/2012.

Nauczanie na kierunkach audiofonologia z protetyką słuchu, elektroradiologia oraz logopedia ogólna i kliniczna włączono w 2019 r. do nowo utworzonego Wydziału Medycznego. 7 października tego samego roku wydział po raz pierwszy przyjął w poczet swojej społeczności 470 studentów. Oficjalnie kształcenie rozpoczęło 31 osób na kierunku audiofonologia z protetyką słuchu, 75 na kierunku elektroradiologia, 68 na kierunku logopedia ogólna i kliniczna oraz 296 na kierunku fizjoterapia.

30 września 2022 r. Wydział Medyczny zakończył funkcjonowanie. 29 sierpnia tego roku, 143 magistrów oraz 76 licencjatów świętowało ukończenie studiów na ostatnim wydziałowym dyplomatorium.

Rok akademicki 2022/2023 Wydział Lekarsko-Stomatologiczny rozpoczął już w nowej odsłonie. Powstały z fuzji Wydziału Medycznego i Wydziału Lekarsko-Stomatologicznego, przyjął na studia 520 osób.
Na kierunku lekarsko-dentystycznym rozpoczęło naukę 125 osób, na technikach dentystycznych oraz na higienie stomatologicznej – po 30 osób. Na audiofonologię z protetyką słuchu przyjęto 28 osób. Na elektroradiologię 92, na fizjoterapię 147, natomiast na logopedię 68.